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En 1255 le nom était FRONTENAY provenant de FRONTENACUM domaine de FRONTENUS, nom dérivé de FRONTO. Frontenex voudrait dire également « de la neige jusqu’au front », phénomène dû au courant d’air glacial serpentant le Col de Tamié.

Frontenex a été érigé en commune et en paroisse en 1865.
Autrefois, la richesse agricole était sur les coteaux ensoleillés et à l’abri des crus de l’Isère.
L’endiguement de la rivière est la cause importante du développement de Frontenex, conjointement avec sa situation sur la route provinciale Albertville - Chambéry.

La séparation de Cléry a été certainement préparée, d’une façon inconsciente d’abord, dès le 18ème siècle. C’est à partir de ce siècle que l’on parle dans les documents de communauté CLERY - FRONTENEX. Ainsi en 1772, pour décider de l’affranchissement des servis dus au Comte de Tournon, à l’Archevêque de Tarentaise, au Comte de la Tour et a l’Abbaye de Tamié, les quarante cinq chefs de famille se réunissent en Assemblée Générale dite de Cléry et Frontenex.

Dès le 13ème siècle, Frontenex avait une chapelle dont il reste les croisillons d’une grande fenêtre à la maison des REY. Un incendie ravagea le quartier de la chapelle.

Une autre chapelle fût fondée à l’occasion de la peste de 1632 sous le vocable de Saint-Sébastien et Sainte Marie Madeleine.

L’église actuelle a été construite après la création de la paroisse en 1865.

Jean-Pierre Fontanet (arrière grand-père de Joseph Fontanet), avait obtenu en 1865 la création d'une paroisse nouvelle, celle de la Nativité, puis en 1866 la création par Napoléon III de la commune de Frontenex, distincte de celle de Cléry dont elle était jusqu'alors l'un des cinq hameaux. Jean-Pierre Fontanet fut le premier maire de la nouvelle commune.

La nouvelle commune a ensuite pris son essor grâce à la nouvelle Route Royale (RN 90) et l'assainissement des plaines.

La maison de la famille Fontanet a été ensuite rachetée par la commune, qui en a fait la mairie.